Problem Eutrophierung - hohe Nährstoffgehalte
Bei der Eutrophierung eines Gewässers kommt es infolge einer erhöhten Konzentration an verfügbaren Nährstoffen zu einer Steigerung der pflanzlichen Primärproduktion - zum Beispiel in Form von Algenblüten. Von Bedeutung ist dabei nicht nur die Konzentration der Nährstoffe - insbesondere von Stickstoff- und Phosphorverbindungen - sondern auch das Verhältnis der Nährstoffe zu einander. Meist sind Phosphate, die in unbeeinträchtigten Gewässern nur in Spuren vorhanden sind, der wachstumsbegrenzende Faktor in Seen.
Während das Große Meer früher einen nährstoffarmen Binnensee war, ist es heute - wie das Loppersumer Meer und die Hieve - übermäßig nährstoffreich (poly- bis hypertroph). Seine Zuflüsse Wiegboldsburer Riede und Westerender Ehe werden als "kritisch belastet" eingestuft (Gewässeregüteklasse II-III), d. h. sie sind so mit organischen, sauerstoffzehrenden Stoffen belastet, dass es infolge von Sauerstoffmangel zu Fischsterben kommen kann. Außerdem weisen die Zuflüsse auch sehr hohe Phosphatkonzentrationen im Wasser auf.
Die wichtigsten Quellen der Nährstoffe in den Gewässern der Region Großes Meer sind:
In letzter Zeit werden zunehmend auch Belastungen mit Gänsekot als Nährstoffquelle diskutiert. Aufgrund der geringen Zahl der Gänse, die das Große Meer als Schlafgewässer nutzen, waren ihre Einträge bisher verglichen mit denen aus Abwasser und Landwirtschaft zu vernachlässigen. Im Winter 1999/2000 wurden erstmals größere Trupps von übernachtenden Gänsen auf dem Meer beobachtet. Sollte die Bedeutung des Großen Meeres als Schlafplatz für Gänse größer werden, ist ein Einfluss auf den Nährstoffgehalt nicht auszuschließen.
Aufgrund der hohen Nährstoffkonzentrationen kommt es im Großen Meer regelmäßig zur Massenentwicklung von Grün- und Blaualgen, die das Wasser trüben. Im Allgemeinen sind Phosphate in Binnenseen der wachstumsbegrenzende "Minimumfaktor". In den ostfriesischen Meeren ist jedoch zumindest in den Sommermonaten Stickstoff der Faktor, der das Algenwachstum begrenzt. Während die Massenentwicklung der Grünalgen dann durch Stickstoffmangel gehemmt wird, sind die Blaualgen (die auch Cyanobakterien genannt werden) davon nicht betroffen, da sie Luft-Stickstoff nutzen können. So kommt es im Sommer zu Massenentwicklungen der Blaualgen.
Einige Stämme der Blaualgen scheiden toxische oder allergene Stoffe, die in Extremfällen zu Badeverboten führen können. Da Blaualgen für viele planktonfressende Arten nicht nutzbar sind, wirkt sich ihre Massenentwicklung auch auf die Zusammensetzung der Konsumenten, also der Arten, die von den Algen leben, aus. Durch die Eutrophierung erhöht sich nicht also nur die Menge der im See produzierten Biomasse sondern es ändert sich auch die Artenzusammensetzung von Pflanzen und Tieren: